一部份的宝可梦与现实生物有相似性，而一部份则是包括无生命的物体[12]。制作人增田顺一和设计师海野隆雄表示，宝可梦的设计灵感来源可以是任何东西，世界各地的动物与文化都为《宝可梦》系列注入了无数的灵感[13]。相较于第二世代及之后，第一世代的设计更为简单[12]。但在2013年发布《X·Y》后，杉森建希望下一代的设计能回到最初的根源。[14]
最初，所有的宝可梦都是由田尻智的挚友杉森建及他率领的小团队所设计的。到2013年时，一支由20位艺术家组成的团队共同设计这些宝可梦，而五名委员则决定哪一些设计可以采用、哪一些则剔除，最后由杉森建和吉田宏信定稿。[15][16]。吉田宏信表示，被剔除的宝可梦数量是被采纳数量的五到十倍[16]。除此之外、杉森建负责所有游戏所需的官方美术图[15]。在少数情况下，先前剔除的设计会在之后的世代中被采纳[17]。每一次世代更迭时，都会更动一部份的宝可梦设计。[12]
在2009年接受GamesRadar采访时，增田顺一指出，简单的宝可梦需要花六个月的时间来设计，而在游戏中扮演重要角色的宝可梦（例如初学者宝可梦）则需耗时一年。增田顺一补充“我们希望设计师在设计时享有更大的自由，所以我们不会说‘我们想要这种宝可梦’来限缩他们的想像力，而是尽可能地让他们自由发挥，然后再送到制作人那里决定去留。”[5]
在设计时，会考虑该宝可梦所生活的环境。增田表示每一个设计都有其合理之处[18]。在一些例子中，会先设计宝可梦的足迹、之后才按照足迹设计宝可梦[19]。属性则不一定，有些宝可梦是在设计好之后决定属性，有些设计则是按照特定属性而生。[20]
增田认为初学者宝可梦是最为重要的，而吉田更表示它们是“该世代的门面”、“它们应该被放在包装上”[16]。每一世代的三个初学者宝可梦都分别是草、火和水属性，增田认为、这能让新玩家最容易理解。[20]
第一世代
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《宝可梦 红·绿》的开发历时六年（1989~1995），1996年2月在日本发行[21]。第一世代的这151个宝可梦，都有著相对简单的设计，且与现实生物非常类似，包括但不限于波波（类似鸽子）、拉达（类似老鼠）、阿柏蛇（类似蛇）和小海狮（类似海狮）。这一代里有许多宝可梦的设计是后续系列中重复概念的基础。[12]
第二世代
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第二世代新增100只宝可梦，延续了第一世代的简单设计，值得一提的是日版与美版的其中四只版本限定宝可梦恰好相反。（在日版中，小小象与顿甲是金版限定，熊宝宝与圈圈熊是银版限定。美版则相反）
此代拥有五只传说宝可梦（炎帝、雷公、水君、洛奇亚、凤王）与一只幻之宝可梦（时拉比）。
其中，金版的封面宝可梦凤王的设计有可能参考了呼玛鸟、不死鸟与中国神话中的凤凰。
第三世代
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第三世代新增135个新宝可梦，几乎与前两个世代无关，此外还有八个传说中的宝可梦，比以前都更多[22]。虽然第三世代里有许多宝可梦因为造形与前代有著设计上的区别而遭受批评，但也新增了很多新颖的第一属性与第二属性组合。[23]
第四世代
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第五世代
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第五世代新增156只宝可梦。
其中，幻之宝可梦比克提尼在合众的本地图鉴编号是000，同时也是第一例排在本地图鉴第一位的幻之宝可梦。（之前的四世代游戏中，幻之宝可梦均排在本地地区图鉴的最后一位）
在这一世代里最先被设计出来的宝可梦是泥偶小人和泥偶巨人，由美国设计师设计。
合众地区的始祖大鸟是目前为止唯一一只全国图鉴编号与其种族值总和相同的宝可梦。（都为567）
[24]
第六世代
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增田顺一表示，《宝可梦 X·Y》里的主题之一是美丽[18]。而增田认为法国是一个绝佳场所，因此在2011年率领团队前往该国取材[25]。在确认游戏的故事背景将设定在基于法国而设计的卡洛斯地区后，加入了许多与欧洲文化相关的设计[26]。例如三个传说中的宝可梦哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔和基格尔德是基于北欧神话。[27]除此之外、这一代的宝可梦也有更高的独创性。[17]
由于游戏从2D变成了3D，也因此需要有更大的开发团队负责整个开发过程。包括本地化团队在内，人数超过五百人。[28]
第七世代
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《精灵宝可梦 太阳／月亮》的背景是基于夏威夷的阿罗拉地区，因此新增的宝可梦中、有许多与热带地区和夏威夷族相关的设计。
第八世代
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2019年6月12日，在E3展上的连线直播“Treehouse Live”上宣布该世代的《剑盾》将不会收录过去的全部宝可梦，只有经过筛选的才会出现在本作上，[29]造成全球粉丝不满且大量对该影片洗负评，在之后电玩媒体对本作制作人的专访中更是直指“只出现经筛选的宝可梦”此一方针将延续到未来的作品中，不会出现全国图鉴，并且超级进化、Z招式也不会出现。事后，其直播节目成为了当届E3展Youtube负评率最高影片[30]。
第九世代
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